Diplômée du CNDC d'Angers, Cécile Loyer collabore, en tant qu'interprète, aux créations de Héla Fattoumi et Éric Lamoureux (1994-1995), Catherine Diverrès (1996-2000), Karine Pontiès (2001-2005), Josef Nadj (2004-2010) et Caterina Sagna (2012-2013), et en tant que chorégraphe à la création de Paul Desvaux (2017, Lulu de Frank Wedekind).

Lauréate, en 2000, du prix Médicis hors les murs, elle travaille 6 mois à Tokyo auprès de la maître de butô Mitsuyo Uesugi dont elle sera l'assistante pour l'Europe entre 2000 et 2005.

C'est en 2000, pendant son séjour au Japon, qu'elle crée un premier solo, Blanc qui a reçu le 1er Prix au concours des jeunes créateurs de l'Espace Pier Paolo Pasolini à Valenciennes. La même année, elle fonde la compagnie C.LOY, au sein de laquelle elle a, depuis, signé ou co-signé plus de vingt pièces : 

Ombres, 2001, Puppi, en collaboration avec Mitsuyo Uesugi, 2003, Raymond (au paradis), 2004, Rois, 2005, Fiasco +, 2005, Que Tal, ou comment vouloir peut être un problème, en collaboration avec Thomas Lebrun, 2007, Blanc (ou la mariée est un homme), 2007, Soldats, 2009, Morpho(s), en collaboration avec Eric Brochard, 2010, Moments d'absence, 2011, Cascade, en collaboration avec Joelle Léandre, 2012, L'Hippocampe mais l'hippocampe, en collaboration avec Violaine Schwartz, 2014, Une pièce manquante, 2014, Cirque, 2016, T.A.C., 2016, 4 X 100 Mètres, 2019, et Et donc !, 2020, en collaboration avec Violaine Schwartz. En 2020, elle crée également Kartographie(s), une pièce qui mélange danseur·ses professionnel·les et amateur·rices. 

En 2022, de la rencontre avec Karim Sylla, jeune danseur guinéen exilé en France, né Villes de papier, pièce tout public à partir de 8 ans.  

En 2023, elle écrit Frappez fort (comme pour réveiller les morts), une pièce pour 8 danseur·ses. 

En 2025, elle a travaillé avec Pierre Baux à la ré-création de Cirque et avec Éric Domeneghetty à la création Sans crier gare, une pièce pour les gares, dont les textes ont été écrits avec Violaine Schwartz. 

Sans crier gare est lauréate du CR! 2025, Bourges, capitale européenne de la Culture 2028.

Elle travaille actuellement à la création de La Station Chorégraphique Itinérante (SCI) , pièce in situ pour les marchés et d'autres lieux de rencontres dans l'espace public. 

En partenariat avec la compagnie Dialogue Dance à Kostroma (Russie) et l'Institut français en Russie, elle crée My dinner with you en 2016. 

Dans le cadre de la coopération décentralisée entre l'Etat du Tamil Nadu en Inde et la Région Centre-Val de Loire, elle crée Histoires vraies en 2014 et Monde à l'envers en 2018.  

En 2018, elle est interprète dans la dernière création de Romain Bertet, Écouter Voir.

En 2021, elle est interprète dans la création de Thomas Lebrun, Mille et une danses, créée au festival Montpellier Danse.

Depuis 2011, elle dirige La Pratique, Atelier de Fabrique Artistique, à Vatan dans le département de l'Indre (36).