Diplômée du CNDC d'Angers, Cécile Loyer collabore, en tant qu'interprète, aux créations de Héla Fattoumi et Éric Lamoureux (1994-1995), Catherine Diverrès (1996-2000), Karine Pontiès (2001-2005), Josef Nadj (2004-2010) et Caterina Sagna (2012-2013), et en tant que chorégraphe à la création de Paul Desvaux (2017, Lulu de Frank Wedekind).

Lauréate, en 2000, du prix Médicis hors les murs, elle travaille 6 mois à Tokyo auprès de la maître de butô Mitsuyo Uesugi dont elle sera l'assistante pour l'Europe entre 2000 et 2005.

C'est en 2000, pendant son séjour au Japon, qu'elle commence à chorégraphie et crée un premier solo, Blanc qui a reçu le 1er Prix au concours des jeunes créateurs de l'Espace Pier Paolo Pasolini à Valenciennes. La même année, elle fonde la compagnie C.LOY, au sein de laquelle elle a, depuis, signé ou co-signé 18 autres pièces : 

Ombres, 2001, Puppi, en collaboration avec Mitsuyo Uesugi, 2003, Raymond (au paradis), 2004, Rois, 2005, Fiasco +, 2005, Que Tal, ou comment vouloir peut être un problème, en collaboration avec Thomas Lebrun, 2007, Blanc (ou la mariée est un homme), 2007, Soldats, 2009, Morpho(s), en collaboration avec Eric Brochard, 2010, Moments d'absence, 2011, Cascade, en collaboration avec Joelle Léandre, 2012, L'Hippocampe mais l'hippocampe, en collaboration avec Violaine Schwartz, 2014, Une pièce manquante, 2014, Cirque, 2016, T.A.C., 2016, 4 X 100 Mètres, en collaboration avec Violaine Schwartz, 2019, Kartographie(s) , 2020, Et donc ! en collaboration avec Violaine Schwartz et Villes de papier, 2022. 

Elle est actuellement au travail sur la création 2023, Frappez fort (comme pour réveiller les morts). 

Dans le cadre de la coopération décentralisée entre l'Etat du Tamil Nadu en Inde et la Région Centre-Val de Loire, elle crée Histoires Vraies en 2014 et Monde à l'envers en 2018.  

En 2018, elle est interprète dans la dernière création de Romain Bertet, Écouter Voir.

En 2021, elle est interprète dans la création de Thomas Lebrun, Mille et une danses, créée au festival Montpellier Danse.

Elle est artiste associée à Équinoxe - Scène Nationale de Châteauroux depuis septembre 2019.

Depuis 2011, elle dirige La Pratique, Atelier de Fabrique Artistique, à Vatan dans le département de l'Indre.